Ein Krieg, den zunächst niemand erkennt
Lordaeron erwartet keinen Angriff aus dem eigenen Korn. Während König Terenas die Folgen der Orcbefreiung und Thralls Flucht beurteilt, verbreitet der Kult der Verdammten verseuchtes Getreide über Andorhal. Wer davon isst, stirbt und erhebt sich als Untoter. Die Geißel gewinnt ihre Armee daher nicht an einer offenen Front. Sie wächst in Dörfern, Vorratskammern und Familien, die noch glauben, eine Krankheit bekämpfen zu müssen.
Medivh warnt Terenas, das Reich zu verlassen. Der König lehnt ab. Seine Entscheidung ist verständlich: Ein Herrscher kann nicht Millionen Menschen aufgrund eines fremden Propheten über das Meer schicken. Doch während der Hof nach Beweisen verlangt, hat Kel'Thuzads Kult die Beweise längst über das Land verteilt.
Arthas jagt die Seuche
Prinz Arthas zieht mit Uther Lichtbringer und Jaina Prachtmeer nach Norden. In Andorhal entdecken sie den Zusammenhang zwischen Kornlieferungen und Untoten. Kel'Thuzad lässt sich töten, weil sein Tod den Plan nicht beendet. In Herdweiler erkennt Arthas, dass die Bevölkerung bereits gegessen hat. Er entscheidet, die Stadt zu vernichten, bevor sie sich verwandelt. Uther und Jaina verweigern ihm die Gefolgschaft.
Von diesem Augenblick an bekämpft Arthas nicht nur einen Feind. Er versucht zu beweisen, dass jede seiner Entscheidungen notwendig war. Mal'Ganis lockt ihn nach Nordend, Frostgram macht aus Entschlossenheit Gehorsam, und der Prinz kehrt als Todesritter zurück.
Lordaeron, Quel'Thalas und Dalaran fallen
Arthas ermordet seinen Vater Terenas und führt die Geißel durch das Reich, das er retten wollte. Er tötet Uther, holt Kel'Thuzads Überreste und marschiert nach Quel'Thalas. Dar'Khan Drathirs Verrat öffnet die Verteidigung, Sylvanas Windläufer fällt, und der Sonnenbrunnen wird für Kel'Thuzads Wiedergeburt entweiht.
In Dalaran suchen die Untoten das Buch Medivhs. Antonidas verteidigt die Stadt, wird aber getötet. Kel'Thuzad beschwört Archimonde, und der Dämon vernichtet Dalaran mit einer beiläufig wirkenden Demonstration seiner Macht. Damit zeigt sich, dass die Geißel nie das letzte Ziel war. Sie hat Azeroth für die Legion geöffnet.
Der Krieg zieht nach Kalimdor
Thralls Horde und Jainas Expedition haben Medivhs Warnung befolgt. Auf Kalimdor begegnen sie Tauren und Nachtelfen, geraten aber zunächst selbst in neue Konflikte. Grommash Höllschrei trinkt erneut Mannoroths Blut und tötet Cenarius. Erst im letzten Kampf gegen Mannoroth befreit er die Orcs vom Blutfluch und stirbt dabei.
Archimonde marschiert zum Berg Hyjal, weil er Nordrassil und die Macht des Brunnens der Ewigkeit begehrt. Jaina, Thrall und Tyrande verzögern seine Armee in getrennten Stellungen. Das Bündnis ist keine Versöhnung aller Völker, sondern eine militärische Notwendigkeit, die nur lange genug halten muss.
Hyjal und die Folgen
Malfurion lockt Archimonde an Nordrassil und ruft die Naturgeister. Ihre vereinte Kraft vernichtet den Dämon, beschädigt aber den Weltenbaum und beendet die Unsterblichkeit der Nachtelfen. Der Sieg bewahrt Azeroth vor der Legion, lässt jedoch Lordaeron, Quel'Thalas und Dalaran in Trümmern zurück.
Der Dritte Krieg endet daher nicht in einer wiederhergestellten Ordnung. Horde und Menschen gründen neue Siedlungen auf Kalimdor, die Verlassenen kämpfen um ein eigenes Reich, und Illidans Handlungen führen unmittelbar zum Gefrorenen Thron. Fast jede politische Macht der folgenden Jahre entsteht aus den Verlusten dieses Kriegs.